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Whole Genome Amplification - mtDNA/gDNA도 가능한가?

성공적인 실험을 위한 핵심 전략과 효소 선택 가이드안녕하세요, 생명 과학을 사랑하는 블로거 여러분! 혹시 단일 인간 세포에서 미토콘드리아 DNA (mtDNA)와 게놈 DNA (gDNA)를 동시에 증폭하고 분석하는 과정에서 어려움을 겪고 계신가요? 아니면 특정 DNA 중합효소를 선택하는 문제로 고민하고 계신가요? 오늘은 여러분의 고민을 시원하게 해결해 드릴 핵심 전략과 유용한 팁을 알려드리겠습니다. 우리 함께 성공적인 실험을 위한 여정을 떠나볼까요?mtDNA와 gDNA, 함께 증폭해도 괜찮을까요? - Circular Form의 중요성많은 분들이 단일 인간 세포 DNA 추출 후 mtDNA와 gDNA가 공존하는 상태에서 해당 키트를 사용하면 과연 circular form으로만 증폭되는지 궁금해하십니다. 안타깝..

LAMP 프라이머 디자인여러분, 혹시 생체 분자를 다루는 연구나 진단 분야에 종사하고 계신가요? 그렇다면 LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification) 기술에 대해 들어보셨을 겁니다. 이 기술은 특정 DNA 서열을 등온 조건에서 효율적으로 증폭시키는 혁신적인 방법으로, 신속하고 정확한 진단에 필수적인데요. 하지만 LAMP 기술의 핵심은 바로 프라이머 디자인에 있다는 사실, 알고 계셨나요? 제대로 디자인된 프라이머는 반응의 성공 여부를 결정하는 중요한 열쇠랍니다. 링크 NEB LAMP프라이머 디자인의 첫걸음 - AT-rich 기본 설정의 중요성프라이머 디자인, 그 시작은 어디부터일까요? 바로 AT-rich default parameters 설정입니다. 소프트웨어에서 자..

단일 세포 mtDNA 완벽 분석: gDNA 제거부터 프라이머 최적화까지! 안녕하세요, 바이오 연구자 여러분! 미토콘드리아 DNA (mtDNA)는 세포의 에너지 생성에 필수적인 유전자로, 다양한 질병 연구와 진화 연구에 중요한 역할을 합니다. 특히 단일 인간 세포에서 mtDNA를 추출하고 분석하는 것은 쉽지 않은 일인데요. 오늘은 mtDNA 분석의 핵심 기술들을 파헤쳐 보고, 여러분의 연구를 한 단계 업그레이드할 수 있는 고급 팁들을 공유해 드릴게요! 과연 여러분은 mtDNA 연구의 숨겨진 보석을 찾을 준비가 되셨나요? 1. 단일 인간 세포에서 mtDNA만 선택적으로 증폭하는 비결 단일 인간 세포에서 DNA를 추출할 때 가장 큰 고민 중 하나는 바로 gDNA(게놈 DN..

안녕하세요! 바이오 블로그에 오신 것을 환영합니다. 여러분은 혹시 차세대 염기서열 분석(NGS)에 대해 얼마나 알고 계신가요? NGS는 생명 과학 연구의 판도를 바꾼 혁신적인 기술이지만, 그 복잡한 과정 때문에 많은 분들이 어려움을 느끼시곤 합니다. 특히 NGS 라이브러리 제작은 성공적인 분석을 위한 핵심 단계로, 여기서의 작은 실수 하나가 전체 실험을 망칠 수도 있습니다. 그래서 오늘은 NGS 라이브러리 제작의 두 가지 핵심 요소인 DNA 조각화(fragmentation)와 PCR 사이클 최적화에 대해 자세히 알아보는 시간을 가질 거예요. 이 글을 통해 여러분의 NGS 실험이 한 단계 더 성공적으로 진행될 수 있도록, 제가 가진 모든 노하우를 아낌없이 풀어놓겠습니다. 자, 그럼 시작해볼까요?NGS 시퀀..

20~25nt 짧은 RNA도 캡핑 가능할까? Vaccinia Capping Enzyme과 정제방법 총정리Short RNA, 예를 들어 20~25nt 길이의 RNA도 cap 구조를 부여할 수 있을까요? 많은 연구자들이 Vaccinia Capping Enzyme (NEB #M2080)을 활용한 Cap-0 합성을 계획할 때 가장 먼저 마주치는 고민입니다. 특히 in vitro transcription으로 합성된 짧은 RNA에 cap을 부여하려는 경우, 효소가 작동할지, 정제는 어떻게 해야 할지 명확한 정보가 부족하기 때문이죠.오늘은 이 질문에 명확한 답을 드리기 위해, NEB의 가이드라인과 함께 효율적인 짧은 RNA의 캡핑 조건 및 정제 방법까지 정리해 드리겠습니다. Vaccinia Capping Enzyme..

BCA, Bradford, Quant-iT™부터 형광 기반까지 바이오의약품 분석의 핵심 가이드바이오의약품 개발에서 단백질 정량(protein quantitation)은 품질 관리와 기능 분석의 출발점입니다. 하지만 단백질의 종류나 수정 여부(예: PEGylation, Glycosylation)에 따라 정량 결과가 달라질 수 있어, 어떤 정량법을 선택하느냐에 따라 데이터의 신뢰도가 크게 바뀝니다.오늘은 "A Comparison of Protein Quantitation Assays for Biopharmaceutical Applications" 논문을 바탕으로 6가지 대표적인 단백질 정량법(BCA, Bradford, CBQCA™, DC, Fluorescamine, Quant-iT™)의 장단점과 바이오의약품..

Q5 Site-Directed Mutagenesis Kit란?안녕하세요, 여러분! 오늘은 Q5 Site-Directed Mutagenesis Kit를 활용해 플라스미드에 원하는 변이를 손쉽게 도입하는 방법에 대해 알아보겠습니다. SDM은 유전자 기능 연구나 단백질 구조·기능 분석에 필수적인 기법인데요, Q5 Kit를 쓰면 복잡한 과정을 간편하게 수행할 수 있습니다.주요 특징Substitutions, Deletions, Insertions 모두 가능짧은 플라스미드에 최적화돼 높은 효율 보장KLD (Kinase, Ligase, DpnI) 반응으로 간편한 리서큘러라이제이션Q5 SDM Kit는 플라스미드의 특정 염기서열을 삽입·치환·제거할 때 사용하는 키트로, KLD 반응을 통해 간편한 circularizati..

소개LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification) 실험을 준비하면서 여러 가지 검출 방법 때문에 고민해본 적 있으신가요? 진단 검사나 연구 프로젝트를 진행할 때, 적합한 LAMP 키트와 검출 방식을 선택하는 것이 신뢰할 수 있는 결과를 얻기 위해 매우 중요합니다. 이 가이드에서는 NEB의 WarmStart® LAMP 제품군—pH 기반의 컬러리메트릭(Colorimetric) 믹스부터 형광 검출 키트까지—의 모든 것을 설명하고, 프라이머, 염료, 대체 판독 방법에 대한 자주 묻는 질문에도 답변해 드립니다. 그럼 시작해볼까요?1. LAMP 이해하기: 검출 방법이 중요한 이유어떤 LAMP 반응은 선명한 노란색으로 변하고, 어떤 반응은 형광 채널에서 반짝이는 이유가 궁금하셨나요..

Mastering Human and Bacterial rRNA Depletion with NEBNext KitsRNA-Seq나 메타트랜스크립토믹스와 같은 고감도 RNA 분석 실험에서는 **리보솜 RNA(rRNA)**가 차지하는 비율을 줄이는 것이 매우 중요합니다. 특히, 인간(human)과 박테리아(bacterial) rRNA를 동시에 제거해야 하는 경우가 흔한데요. 이 글에서는 NEBNext v2 rRNA Depletion Kit를 활용하여 human + bacterial rRNA를 한 번에 효율적으로 제거하는 방법과, species-specific custom probe 제작 방법을 쉽고 자세히 설명드리겠습니다.1. rRNA Depletion의 중요성많은 생체 시료에는 전체 RNA 중 rRNA가 80..

고감도 Whole Genome Amplification for Low-Input DNA몇 femtograms(fg) 수준의 DNA로 전체 게놈을 증폭할 수 있다는 사실이 믿기시나요? 여러분의 소중한 single-cell 샘플, 희귀 미생물, 혹은 고대 DNA를 다룰 때, Whole Genome Amplification(WGA)만이 downstream 분자 분석을 가능하게 합니다. 이 가이드에서는 NEB의 phi29-XT WGA Kit를 깊이 파헤치고, 핵심 기능, 최적 워크플로우, 그리고 debranching과 RNA 제거에 대한 실용적인 팁을 알려드립니다. 이 글을 읽고 나면, 단 10 fg의 입력 DNA로도 견고하고 고수율의 게놈 라이브러리를 생성할수 있을 것입니다.유전체학에서 WGA가 중요한 이유W..